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Join 1. 예시 데이터프레임 생성 import pandas as pd df = pd.DataFrame({'key': ['K0', 'K1', 'K2', 'K3', 'K4', 'K5'], 'A': ['A0', 'A1', 'A2', 'A3', 'A4', 'A5']}) other = pd.DataFrame({'key': ['K0', 'K1', 'K2'], 'B': ['B0', 'B1', 'B2']}) 2. 열의 Index 지정해서 Join df.join(other, lsuffix = '_caller', rsuffix = '_other') 3. Key를 index로 지정해 Join df.set_index('key').join(other.set_index('key')) 4. join 메소드의 parameter ..

Workbench 연 후 +(new connection 생성) 클릭 connection hostname 에 ip주소 또는 url 주소, port 번호 입력하면 서버 접속 가능

웹 크롤링으로 href 태그의 값 가져오기 (HTML 파싱) import requests from bs4 import BeautifulSoup ftp.ensembl.org/pub/current_regulation/homo_sapiens/RegulatoryFeatureActivity/ Index of /pub/current_regulation/homo_sapiens/RegulatoryFeatureActivity/ ftp.ensembl.org 이렇게 생긴 웹 형태에서 데이터 이름만 가져오는 웹 크롤링 실습. 1. requests 라이브러리를 이용해 url get 하기 import requests from bs4 import BeautifulSoup res = requests.get('http://ftp.en..

df.unique() 위의 데이터프레임은 cell_line에 대한 내 예시 데이터이다. 이제 이 cell_lien 데이터에서 유니크한 값을 찾아볼 것이다. 1. 데이터프레임에서 중복을 제거하지 않고 값 확인 cell_line = f['epigenomes_with_experimental_evidence'].values # values = df[컬럼명].values 위의 코드를 실행하면 array형태로 모든 값이 출력된다. 2. 데이터프레임에서 각 요소별로 몇개의 데이터가 있는지 확인 f['epigenomes_with_experimental_evidence'].value_counts() # df[컬럼명].value_counts() 3. 데이터프레임에서 중복을 제거하고 유니크한 값 확인 f['epigenome..

How to check NaN in Pandas Dataframe null 값 확인 df.isnull() isnull(df) null 아닌 값 확인 df.notnull() notnull(df) 1. 예시 dataframe 생성 import pandas as pd import numpy as np dates = pd.date_range("20130101", periods=6) df = pd.DataFrame(np.random.randn(6, 4), index=dates, columns=list("ABCD")) 2. null 값 추가하기 'NaN' 혹은 None을 통해 null값을 임의로 추가할 수 있다. df['A'][1] = 'NaN' df['B'][2] = None df['C'][2] = 'NaN' d..

ASCII(아스키코드), CHAR(숫자) SELECT ASCII('A'), CHAR(65); --> 65, A반환 BIT_LENGTH, CHAR_LENGHT, LENGTH BIT_LENGTH(): 할당된 비트크기 반환 CHAR_LENGTH(): 문자 개수 반환 LENGTH(): 할당된 바이트 수 반환 영문: 문자당 1바이트, 한글: 문자당 3바이트 SELECT BIT_LENGTH('ABC'), CHAR_LENGTH('ABC), LENGTH('ABC); --24, 3, 3반환 SELECT BIT_LENGTH('가나다'), CHAR_LENGTH('가나다'), LENGTH('가나다'); -- 72, 3, 9 반환 CONCAT(문자열1, 문자열2, ...), CONCAT_WS(문자열1, 문자열2, ...) CO..

변수 사용 형식 SET @변수명 = 변수값; -- 변수 선언, 값 대입 SELECT @변수이름; -- 변수 출력 예제 SET @VAR1 = 1; SET @VAR2 = 2; SELECT @VAR1; -- 결과 1 SELECT @VAR1 + @VAR2; -- 결과 2 SET, PREPARE, EXECUTE 문 SET @VAR1 = 1; PREPARE Query FROM 'SELECT * FROM [테이블명] ORDER BY [정렬기준] LIMIT ?'; -- '?'위치에 변수 사용해 쿼리문 PREPARE EXECUTE Query USING @VAR1; -- 변수 실행문 데이터 형식 변환 함수 CONVERT(), CAST(): 강제로 데이터형을 변환하는 함수 -- 데이터를 정수로 출력 SELECT CAST([..

Biopython 설치 후 reverse complement 서열 구하기 Biopython 설치 pip install biopython 설치 확인 및 reverse_complement 코드 실행 import Bio # 설치확인 from Bio.Seq import Seq my_seq = Seq('TGGTGAAACCCCA').reverse_complement() print(my_seq) print(type(my_seq)) 결과 sequence의 타입 확인 결과 참고: biopython.org/wiki/Getting_Started · Biopython OB— title: Getting Started permalink: wiki/Getting_Started layout: wiki — Download and In..