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Small Molecule Kinase Inhibitor 소분자 키나아제 억제제 신호전달경로를 표적으로 해 넓은 의미로 신호전달경로 억제제라고도 함 암세포의 성장, 분화 및 생존에 있어 신호전달경로의 활성화가 중요한 역할을 하는데, 이 경로를 활성화시키는 중요한 매개 효소들인 티로신 키나제, 프로테인 키나제 등의 활성을 억제하는 표적 치료제 Small molecule: 생물학적 표적(단백질 or 핵산)과 결합해 세포 신호전달 등 표적의 활동 또는 기능을 변화시킴, effector(작용인자)로서의 역할 가능 Kinase 키나아제, 키네이스, 인산화효소 ATP: 세포 내의 화폐, 에너지가 변환된 형태 → ATP는 단백질의 인산화 과정을 거쳐 세포 내의 신진대사 조절 ATP와 같은 고에너지 분자의 인산기를 특..

SMILES (Simplified Molecular Inpute Line Entry System) 조직적인 화학명을 사용하는 대신, 간결한 방법으로 분자를 표현하는 방법. 새로운 종류의 화학 구조를 빠르고 쉽게 생성할 수 있다. 규칙 6가지 각 원자는 표준 원소기호로 나타낸다. 수소 원자는 표기를 생략한다. 이웃에 위치한 원자는 서로 결합되어 있다. 이중결합은 "="으로, 삼중결합은 "#"으로 표기한다. 결합 가지는 괄호로 표기한다. 고리 구조는 서로 연결되어 있는 원자에 숫자로 표시한다. 출처: en.wikipedia.org/wiki/Simplified_molecular-input_line-entry_system Simplified molecular-input line-entry system - Wik..

RNAi(RNA interference) siRNA(short interfering RNA)라 불리는 12~21 mer의 dsRNA에 의해 서열 특이적으로 유전자 발현이 억제되는 현상 --> RNA 간섭 gene silencing by RNAi RNA 간섭을 이용해 특정 유전자의 활성을 억제할 수 있음 표적 mRNA와 상보적 관계에 있는 이중가닥 RNA 를 세포에 도입하는 방법으로 억제 가능 단점: 효과가 일시적일 수 있으며, 다른 유전자 발현도 억제할 수 있음 siRNA(short interfering RNA) off-target effect 줄여서 design 해야함 Off-target effect siRNA를 이용한 RNAi의 부작용, 다른 유전자 발현도 억제되는 현상 https://www.ibri..

Biopython 설치 후 reverse complement 서열 구하기 Biopython 설치 pip install biopython 설치 확인 및 reverse_complement 코드 실행 import Bio # 설치확인 from Bio.Seq import Seq my_seq = Seq('TGGTGAAACCCCA').reverse_complement() print(my_seq) print(type(my_seq)) 결과 sequence의 타입 확인 결과 참고: biopython.org/wiki/Getting_Started · Biopython OB— title: Getting Started permalink: wiki/Getting_Started layout: wiki — Download and In..

upstream/downstream DNA와 RNA에서 상대적인 위치 DNA, RNA -> 5'과 3' DNA는 5' -> 3'으로 복제됨(반대방향으로 감) 따라서 한 가닥에서 downstream 영역은 upstream영역이다 출처: http://en.wikipedia.org/wiki/Upstream_and_downstream_(DNA) 프로모터(promoter)란? 유전자의 스위치 역할, 언제 어디서 어느정도 발현할 것인가를 결정하는 염기 서열 유전자 발현하기 위해서는 프로모터 영역에 다양한 단백질이 결합하여야 함 비주형가닥의 유전자 시작을 알리는 염기 부분 Base pair(염기쌍) 핵산을 이루고 있는 염기들 중에 수소 결합이 가능한 두 염기들이 연결된 것 DNA: GC, AT RNA: GC, AU ..

Biological Networks 생물계의 다양한 네트워크 Protein-protein Interaction (PPI) Networks Gene regulatory networks Co-expression networks Metabolic networks Signaling networks ..... 1. Protein-protein Interaction (PPI) Networks 단백질 간의 다양한 interaction을 나타낸 네트워크 유전자-단백질이 1:1 대응하므로 주로 유전자 발현량을 PPI 네트워크에 대입하는 경우가 많음 STRING 데이터베이스가 많이 쓰임 --> 유전자(단백질 이름이나 아미노산 서열 등으로 검색하여 해당 단백질과 상호작용을 하는 네트워크를 보여줌) STRING 데이터베이스의..

대학생이라면 학교 도서관에서 논문 서치하는 게 당연하지만, 그렇게 해도 나오지 않는 논문들을 찾는 사이트를 소개해보겠다. 1. PubMed pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ PubMed PubMed® comprises more than 30 million citations for biomedical literature from MEDLINE, life science journals, and online books. Citations may include links to full-text content from PubMed Central and publisher web sites. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov NCBI는 미국 국립생물공학정보센터로 다양한 데이터베이스도 있고, pub..

DNA methylation database 서치 작업 중 dna 메틸화가 무엇인지 궁금해져서 정리하는 글 Epigenetics 후성 유전학이란? - DNA 염기 서열의 변화 없이 유전자 발현과 같은 기능의 변화가 일어나는 과정을 알아내는 새로운 영역의 학문 - Epigenetic regulation: DNA 메틸화, 히스톤의 번역 후 공유결합 (아세틸화, 인산화, 메틸화, 유비퀴틴화, 수모화 포함)을 통한 히스톤의 변화, ATP-의존적인 염색질 구조변화, 히스톤 단백질 교환처럼 염기서열의 변화 없이 유전자 활성조절을 통해 특정 유전자의 발현상태를 안정적으로 변형, 유지하고, 이를 체세포분열이나 감수분열을 통해 자손에게 전달하는 과정 DNA 메틸화 - 후성유전학의 대표 기전(mechanism) - DNA..