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RNAi(RNA interference) siRNA(short interfering RNA)라 불리는 12~21 mer의 dsRNA에 의해 서열 특이적으로 유전자 발현이 억제되는 현상 --> RNA 간섭 gene silencing by RNAi RNA 간섭을 이용해 특정 유전자의 활성을 억제할 수 있음 표적 mRNA와 상보적 관계에 있는 이중가닥 RNA 를 세포에 도입하는 방법으로 억제 가능 단점: 효과가 일시적일 수 있으며, 다른 유전자 발현도 억제할 수 있음 siRNA(short interfering RNA) off-target effect 줄여서 design 해야함 Off-target effect siRNA를 이용한 RNAi의 부작용, 다른 유전자 발현도 억제되는 현상 https://www.ibri..

Biopython 설치 후 reverse complement 서열 구하기 Biopython 설치 pip install biopython 설치 확인 및 reverse_complement 코드 실행 import Bio # 설치확인 from Bio.Seq import Seq my_seq = Seq('TGGTGAAACCCCA').reverse_complement() print(my_seq) print(type(my_seq)) 결과 sequence의 타입 확인 결과 참고: biopython.org/wiki/Getting_Started · Biopython OB— title: Getting Started permalink: wiki/Getting_Started layout: wiki — Download and In..

DNA methylation database 서치 작업 중 dna 메틸화가 무엇인지 궁금해져서 정리하는 글 Epigenetics 후성 유전학이란? - DNA 염기 서열의 변화 없이 유전자 발현과 같은 기능의 변화가 일어나는 과정을 알아내는 새로운 영역의 학문 - Epigenetic regulation: DNA 메틸화, 히스톤의 번역 후 공유결합 (아세틸화, 인산화, 메틸화, 유비퀴틴화, 수모화 포함)을 통한 히스톤의 변화, ATP-의존적인 염색질 구조변화, 히스톤 단백질 교환처럼 염기서열의 변화 없이 유전자 활성조절을 통해 특정 유전자의 발현상태를 안정적으로 변형, 유지하고, 이를 체세포분열이나 감수분열을 통해 자손에게 전달하는 과정 DNA 메틸화 - 후성유전학의 대표 기전(mechanism) - DNA..

전에 올렸던 TFBS(Transcription Factor Binding Site) data에 start, end를 이용해 (시작, 종결 코돈) 염기서열을 추가해 보았다. 앙상블에서 제공하는 api 이용 rest.ensembl.org/documentation/info/sequence_region Ensembl Rest API - GET sequence/region/:species/:region Returns the genomic sequence of the specified region of the given species. Supports feature masking and expand options. rest.ensembl.org import requests, sys import pandas as p..

(실제 코드 결과로 작성, transcription factor binding site 데이터 이용) Dataframe에 새로운 column 작성하기 Dataframe의 column split 후 다른 column으로 저장하기 # df[열이름].str.split() 이용 Dataframe의 열 data를 split 후 다시 저장하기 Pandas explode 메소드 사용하기 (데이터프레임 열에 리스트로 저장된 데이터에서 리스트 요소를 행으로 추가하기) import pandas as pd f1 = pd.read_csv('test.txt', delimiter = '\t', names = ['1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9']) # 1~9로 열 이름 정해서 탭으로 분..