[Python] REST API (Ensembl 사이트에서 DNA Sequence 불러오기)

전에 올렸던 TFBS(Transcription Factor Binding Site) data에 start, end를 이용해 (시작, 종결 코돈) 염기서열을 추가해 보았다.

 

앙상블에서 제공하는 api 이용

 

rest.ensembl.org/documentation/info/sequence_region

 

Ensembl Rest API - GET sequence/region/:species/:region

import requests, sys
import pandas as pd

f = pd.read_csv('21test.csv') # 21번 염색체 데이터 일부 가져오기

# start와 end에 dataframe 열 대입
start = f['4']
end = f['5']

print(f) 결과, 원래 데이터

# 문자열 format 이용해 REST API에서 데이터 불러오기
# sequence list 만들어 api에서 sequence를 불러올 때마다 append하기

sequence = []

server = "https://rest.ensembl.org"
for i in f.index:
    ext = "/sequence/region/human/{0}:{1}..{2}?".format('21', start[i], end[i])
 
    r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "text/plain"})

    if not r.ok:
      r.raise_for_status()
      sys.exit()


    print(r.text)
    sequence.append(r.text)
    
# sequence list를 dataframe의 새로운 열로 지정
f['sequence'] = sequence

print(sequence) 결과

sequence 열이 추가된 것을 볼 수 있음.

 

REST API 호출 성공~~